Pese al mal resultado, Maurice Cheeks continuó en el cargo de entrenador para la temporada 2006-07, la última de Iverson en el equipo. Tras esta temporada, fue nombrado entrenador Jim O’Brien, oriundo de Filadelfia. Durante esa temporada, los 76ers comenzaron ganando sus primeros diez partidos y su récord llegaría a estar 41-14 a mediados de la temporada regular. A comienzos de esa temporada, traspasaron a Jerry Stackhouse, quien había sido elegido en el tercer puesto del Draft de 1995, a Detroit Pistons; a cambio, los Philadelphia 76ers recibieron a Aaron McKie y Theo Ratliff, jugadores de un gran despliegue defensivo que ayudarían al resurgimiento del equipo. En la segunda ronda, Detroit Pistons venció a los 76ers en seis encuentros. En el Memorial Day del 2003, Brown renunció a su cargo de entrenador, tomando el cargo en Detroit a los pocos días. Días antes del draft, los Sixers traspasan esta y una futura primera ronda a Boston Celtics a cambio de la primera elección; con ella, eligen al base Markelle Fultz. Unos días antes del All Star Weekend, Theo Ratliff fue dado de baja por el resto de la temporada a causa de una lesión en la muñeca.
Puedes ver toda la acción de la temporada de la NBA a través de la familia de canales de ESPN, incluyendo ESPN Deportes y ESPN3 (todos en hora del Este). La primera acción de Morey es enviar el cuantioso contrato de Horford a los Thunder a cambio de Danny Green, poco después, Josh Richardson fue enviado a Dallas Mavericks por Seth Curry; ambos movimientos fueron recibidos con alabanzas, pues los 76ers se deshacían de dos jugadores que no encajaban en el equipo sin sacrificar demasiado. Pese a que los pronósticos afirmaban que Milwaukee ganaría fácilmente, los 76ers dieron pelea hasta el final, cayendo 80-74. Los Sixers ganaron el cuarto y quinto partido y fueron derrotados en el sexto. Los 76ers regresaron a los playoffs en 1986-87, pero se vieron derrotados por Milwaukee. Comenzando en 1990-91 y finalizando en 1995-96, los 76ers tuvieron la poco agraciada distinción de haber tenido un récord peor al anterior cada año. Se debía haber celebrado otro antes, el martes, precisamente el esperado derbi de Los Ángeles entre los Lakers y los Clippers, pero fue suspendido. En el primer partido, los Lakers tomaron la delantera por 18-5, pero los Sixers se recuperaron y sacaron una ventaja de 15 puntos en la segunda mitad; Los Ángeles jugaron duro para empatar 94-94 el partido al final del tiempo regular.
Algunas personas piensan que las derrotas en postemporada frente a Chicago fueron el comienzo del fin de la estadía de Barkley en Filadelfia. Se lo cambió solo cuando jugó para Selección de USA y en sus cuatro temporadas en Miami Heat, donde utilizó el 6 porque el 23 estaba retirado en honor al escolta de Chicago Bulls. En las cuatro temporadas que, entre medias, pasó en los Miami Heat lució el ‘6’. Los 76ers finalizarían la temporada 2006-07 con un global de 35-47. En el draft de ese mismo año, los Sixers eligieron a Thaddeus Young, y, tras una serie de operaciones con Miami Heat y Portland Trail Blazers, se quedaron finalmente con el jugador de Utah Jazz Herbert Hill. Férreos, peleones y con un Jimmy Butler al nivel de una superestrella de la liga los Miami Heat plantaron cara pese a las lesiones de Bam Adebayo y Goran Dragic, piezas clave durante toda la temporada y todavía más en estos Playoffs.
En enero de 2007, el gerente general de los Sixers, Billy King, anunció que el equipo y el ala-pívot Chris Webber habían llegado a un acuerdo de rescisión de contrato, los Sixers le pagarían a Webber 36 millones de dólares durante la siguiente temporada y media, que representa 7 millones menos de lo que le hubieran pagado por jugar. Para la temporada siguiente, Matt Guokas reemplazó a Billy Cunningham como entrenador, liderando al equipo hacia la segunda ronda de los playoffs en 1985-86, donde fue derrotado por Milwaukee Bucks en siete encuentros. Sin embargo, el calendario de Washington no se vuelve más fácil con Minnesota, Nueva York, Chicago, Atlanta, camiseta lakers lebron Toronto (dos veces) y Milwaukee en los próximos siete juegos. Fue además el segundo peor en la liga ese año, superando solo a Vancouver Grizzlies e incluso superado por los debutantes Toronto Raptors. Solamente dos jugadores de los 76ers superaban los tres años de experiencia en la liga en ese momento. En el primer encuentro, los 76ers desperdiciaron una ventaja de 18 puntos y perdieron 79-78, cuando Reggie Miller encestó un triple en los segundos finales.
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