El 14 de agosto, el australiano Brett Brown es contratado como entrenador, debido a que poseía renombre de trabajar bien con el talento joven. Collins se mantuvo como entrenador, pero Stefanski fue relegado como mánager general. Con la marcha de Doug Collins y la llegada de Sam Hinkie como nuevo mánager general se dio inicio a una etapa de reconstrucción total. Los 76ers finalizarían la temporada 2006-07 con un global de 35-47. En el draft de ese mismo año, los Sixers eligieron a Thaddeus Young, y, tras una serie de operaciones con Miami Heat y Portland Trail Blazers, se quedaron finalmente con el jugador de Utah Jazz Herbert Hill. En primera ronda se enfrentarían a los recién formados todopoderosos Miami Heat de LeBron James, Dwyane Wade y Chris Bosh, perdiendo 1-4 pero ganándose el favor de los críticos, especialmente Doug Collins, quien logró convertir un equipo aspirante a la lotería del draft en uno de playoffs y capaz de vencer un partido a los grandes favoritos al título.

Debido al bajo rendimiento del equipo, el entrenador Maurice Cheeks fue despedido en diciembre y fue reemplazado por su asistente Tony DiLeo, con quien mejoraron y finalizaron la campaña con un récord de 41-41. En primera ronda de playoffs se vieron las caras con los Orlando Magic, a la postre finalistas de la NBA, cayendo eliminados por 4-2 tras llegarse a adelantarse en la serie ganando dos de los tres primeros encuentros. La 2014-15 parecía ser la peor temporada en la historia de la franquicia de los 76ers; en noviembre de 2014, alcanzaron las 16 derrotas consecutivas, con un parcial de 0-16, récord negativo para la franquicia, llegando a ponerse 0-18 en diciembre, si bien pudieron romper la racha con su primera victoria ante Minnesota ese mes. Descontento con el rumbo de la franquicia, camiseta lakers lebron el corte ingles Iverson declaró un ultimátum: o le encontraban otra estrella que le acompañara o demandaba ser traspasado. También se redefinió el logo y la equipación de la franquicia, retornando a los clásicos de entre los años 1977 y 1997. En diciembre de 2009, tres años después de la marcha de su gran superestrella, se anunció el retorno de Allen Iverson por un año, quien «debutó» en un partido, precisamente, contra Denver Nuggets en un estadio repleto, aunque en esta ocasión con un rol secundario.

En el draft de 2016, los Philadelphia 76ers obtienen la primera elección del draft, con la que escogen a Ben Simmons, su primera elección en primera posición desde Allen Iverson en 1996. Sin embargo, la maldición de los Sixers con el draft prosigue, cuando Simmons sufre una fractura en el pie durante un entrenamiento de pretemporada; el jugador acabó perdiéndose toda la temporada. Esto se consumó en diciembre de 2006 después de meses de rumores sobre la marcha de The Answer del equipo; Iverson era traspasado a Denver Nuggets y se ponía fin a 11 años de estancia de Allen Iverson en la franquicia de la ciudad del amor fraternal y a una era marcada por el propio Iverson y por el fracaso de una gerencia en encontrarle un gran acompañante a la polémica superestrella. Atlanta tiene un partido en casa el miércoles contra los Knicks y luego una estancia en casa de cuatro juegos inmediatamente después del receso del Juego de Estrellas. Se considera el inicio de esta etapa cuando, durante el draft de 2013, Hinkie traspasó al mejor jugador del equipo, el All-Star Jrue Holiday, a New Orleans Pelicans a cambio del pívot drafteado ese año, Nerlens Noel, y una elección de primera ronda de 2014 que se transformaría en Elfrid Payton.

El 19 de diciembre de 2006 Allen Iverson, junto con Ivan McFarlin, fueron enviados a Denver Nuggets a cambio de Andre Miller, Joe Smith y dos elecciones de primera ronda en el draft. En la lotería del draft 2017 a Philadelphia le toca la quinta elección, pero debido a los derechos obtenidos en un traspaso con Sacramento Kings en agosto de 2015, intercambian esta por la tercera de los californianos. Bridges es traspasado minutos después a Phoenix Suns a cambio de Zhaire Smith, elegido en la decimosexta posición, y una futura primera ronda de 2021 proveniente de Miami; Landry Shamet y Shake Milton, dos jugadores que se convertirán en piezas importantes, son también escogidos en ese draft. La elección de Elfrid Payton fue traspasada a Orlando Magic a cambio de Dario Šarić, la décimo-segunda elección. El 10 de noviembre de 2018, Dario Šarić y Robert Covington son traspasados a Minnesota Timberwolves a cambio de Jimmy Butler.